Voda je pre energetiku strategickým zdrojom a zároveň jedným z pilierov ochrany životného prostredia. Ochrana životného prostredia a prevencia jeho znečisťovania patrí medzi dlhodobé priority spoločnosti. V oblasti vodného hospodárstva sa preto kladie dôraz na ochranu vodných zdrojov, ich efektívne využívanie a minimalizáciu množstva odpadových vôd v technologických procesoch.
V Slovenských elektrárňach zohráva voda kľúčovú úlohu pri bezpečnej prevádzke jadrových elektrární a pri výrobe elektriny vo vodných elektrárňach. V jadrových elektrárňach je voda nevyhnutná na chladiace procesy a výrobu pary pre turbogenerátory. Vo vodných elektrárňach využívame hydroenergetický potenciál vodných tokov – stabilný, obnoviteľný zdroj energie bez priamych emisií CO₂. Využívanie vôd súvisiace s výrobnou činnosťou Slovenských elektrární, sa v zmysle platnej legislatívy označuje ako nakladanie s vodami. Nakladanie s vodami zahŕňa predovšetkým odbery povrchových a podzemných vôd, vypúšťanie odpadových vôd a využívanie hydroenergetického potenciálu vodných tokov.– Všetky tieto činnosti sú regulované aktuálne platnou legislatívou a povoleniami orgánov štátnej vodnej správy. Tie stanovujú najmä limitné hodnoty ukazovateľov znečistenia,, povolené množstvá odoberaných vôd a vypúšťaných odpadových vôd, miesta odberov a výpúšťania, rozsah monitorovania kvality vody a ďalšie podmienky
V jadrových elektrárňach využívame uzavretý chladiaci cyklus, ktorý umožňuje opakované využitie vody, znižuje odbery z prírodných zdrojov a minimalizuje riziko znečistenia. Kvalita pitnej vody je pravidelne monitorovaná akreditovanými laboratóriami v súlade s platnou legislatívou.
Transparentnosť považujeme za samozrejmosť – informácie o vodnom hospodárstve a vypúšťaní odpadových vôd zverejňujeme pravidelne na mesačnej báze.
V podmienkach SE je pre jednotlivé závody pitná voda zabezpečovaná z vlastných zdrojov (studní) alebo odberom od vodárenských spoločností v danej lokalite na základe uzatvorenej zmluvy. Kontrola kvality ukazovateľov pitnej vody sa vykonáva pravidelne prostredníctvom akreditovaného laboratória. Výsledky monitorovania kvality sú predkladané regionálnemu úradu verejného zdravotníctva. Hlavným zákonom v oblasti kvality pitnej vody je zákon č. 355/2007 Z. z. o ochrane, podpore a rozvoji verejného zdravia.
Povrchová voda sa v spoločnosti využíva predovšetkým v jadrových elektrárňach na chladenie technologických zariadení. Spoločnosť využíva uzavretý chladiaci cyklus (cirkulačné chladenie), ktorý predstavuje moderný a ekologicky šetrný prístup k udržateľnému využívaniu vodných zdrojov. Tento systém umožňuje opakované využitie vody na chladenie reaktora, čím sa výrazne znižuje množstvo odoberanej vody z prírodných zdrojov a minimalizuje sa riziko znečistenia životného prostredia. Uzavretý chladiaci cyklus tak nielenže zvyšuje efektivitu prevádzky jadrových elektrární, ale zároveň prispieva k ochrane životného prostredia.
V rámci poskytovania informácií o znečisťovaní životného prostredia podľa zákona č. 17/1992 Zb. o životnom prostredí v znení neskorších predpisov spoločnosť na mesačnej báze zverejňuje na svojej internetovej stránke podrobné informácie z oblasti vodného hospodárstva za jednotlivé závody.