VE Madunice je umiestnená pod nádržou Sĺňava, ktorá bola umelo vybudovaná v údolnej nive Váhu. Podobné podmienky výstavby boli neskôr pri budovaní vodného diela Gabčíkovo.
Pri výstavbe vodného diela Madunice bola dôležitou úlohou ochrana kúpeľných žriediel v Piešťanoch. Liečivé pramene a tvorba liečivého bahna neboli ohrozené, dokonca sa zvýšila ich výdatnosť, takže bolo možné podstatne zvýšiť počet ročne liečených pacientov.
Vo VE Madunice sú inštalované tri agregáty s prietokom turbínou po 92 m3.s-1. Odpadný kanál je pri Hlohovci zaústený do Váhu.